Vor dem Hintergrund der zunehmenden Verarmung Segebergs erlaubte die Stadt einigen Juden ab 1739 sich hier niederzulassen. Gegen die Entrichtung eines Schutzgeldes verlieh Segeberg diesen Juden ab 1744 das Bürgerrecht. Dadurch entstand die Möglichkeit, in der Stadt als Händler tätig zu werden. Eine jüdische Gemeinde etablierte sich. In einem Privathaus richtete sie sich einen Betsaal ein und 1792 wurde ein eigener Friedhof angelegt. Wichtige Strukturen der Gemeinde waren damit geschaffen.
1842 wurde der Betsaal in eine Synagoge umgebaut. Nach der Verabschiedung des Gesetzes zur Emanzipation in Holstein 1863 konnten sich die jüdischen Mitbürger zunehmend in Segeberg integrieren. Insbesondere die Brüder Ludwig und Adolf Levy waren im örtlichen Vereinsleben und in der Kommunalpolitik aktiv.
Der latent in Deutschland vorhandene Antisemitismus wurde nach 1933 von den Nazis in unvorstellbar inhumaner Weise als Unterdrückung, Vertreibung und schließlich Ermordung der Juden umgesetzt. Die wenigen, in Bad Segeberg verbliebenen älteren Segeberger Mitbürger jüdischen Glaubens flohen in den 1930er Jahren vor allem nach Hamburg und fanden von dort den Weg in die Vernichtungslager oder in die Emigration. Nach 200 Jahren gab es bei Kriegsbeginn keine jüdische Gemeinde mehr in Bad Segeberg.
Diese Situation änderte sich erst zu Beginn des 21.Jahrhunderts. Durch den Zuzug von Juden aus Osteuropa konnte in der alten Lohmühle gegenüber des 1792 angelegten jüdischen Friedhofes ein neues Gemeindezentrum mit einer Synagoge entstehen.
Diese neue Jüdische Gemeinde erwarb 2021 das Grundstück der alten Synagoge in der Lübecker Str.2. Am 9.November dieses Jahres konnte ein einmaliger Gedenkort in Deutschland eingeweiht werden. In seinem Mittelpunkt steht eine Stahlrohrkonstruktion, die die ehemalige Fassade der Synagoge originalgetreu nachbildet.
1739 kommen erste jüdische Familien nach Segeberg und erhalten hier ab 1744 das Bürgerrecht.
Um 1750 wird in einem Privathaus in der Lübecker Str.2 ein Betsaal eingerichtet.
1792 beantragt ein Gieschenhagener Jude die Anlegung eines Friedhofs außerhalb der Stadt. Dadurch entfällt der aufwändige Transport der Verstorbenen nach Moisling oder Wandsbek.
1842 entsteht mit Genehmigung des zuständigen Altonaer Oberrabbiners Ettlinger aus dem Betsaal eine Synagoge mit einer Frauenempore, einem Thoraschrein und einer Dienstwohnung für den Religionslehrer.
1908 gründet der Israelitisch-Humanitäre-Frauenverein in der Bismarck-Allee unter der Leitung von Sidonie Werner ein jüdisches Kinderheim und eine Haushaltungsschule. Ab 1911 kauft der Verein für seine Einrichtung insgesamt drei Häuser in dieser Straße.
1913/1919 werden die in Neumünster und in Klein Niendorf wohnenden Juden in die jüdische Gemeinde Segeberg eingegliedert. Dieser Schritt wird vor allem aus finanziellen Erwägungen notwendig, da die Segeberger Gemeinde immer weniger Mitglieder zählt.
Segeberger jüdische Mitbürger engagieren sich in Politik und Vereinsleben der Stadt und sind hier anerkannte Persönlichkeiten.
1933 beginnt mit der Machtergreifung der Nazis die Vertreibung der letzten ca. 30 Juden aus Bad Segeberg. Ihr Besitz wird enteignet („arisiert“), vor allem ältere Menschen fliehen nach Hamburg. Mehrere jüdische Mitbürger werden durch die Repressalien der Nazis in den Freitod getrieben.
1938 wird in der Reichspogromnacht die Synagoge geschändet. Das daneben liegende letzte jüdische Geschäft der Stadt wird geplündert und gewaltsam geschlossen. Nur noch Einzelpersonen jüdischen Glaubens überleben die Nazi-Zeit.
Ab 1940 werden über 50 Segeberger Bürger jüdischen Glauben von den Nazis in Konzentrations- und Vernichtungslager deportiert oder sind bereits emigriert.
1962 wird das Gebäude der ehemaligen Synagoge abgerissen.
2002 wird es durch die Zuwanderung von Juden aus der ehemaligen Sowjetunion möglich, eine neue jüdische Gemeinde in der Stadt zu gründen.
2007 kann in der alten Lohmühle durch Eigenleistungen und viele Spenden eine neue Synagoge mit einem großzügigen Gemeindezentrum eingeweiht werden.
2021 erwirbt die Jüdische Gemeinde das Grundstück. Es entsteht ein würdiger Gedenkort, an dem die ehemalige Fassade der Synagoge als Stahlrohrkonstruktion nachgebildet wird.