• Kämmereibuch 1578 - 1606
• Lehrlingseinschreibebuch und -ausschreibebuch der Schusterzunft von 1692
• Stadtbuch 1539
• Briefbuch 1630
• Bürger- und Eidbücher 1602

Mitteilung der königlich-dänischen Regierung

• Zunftsachen
• Meldesachen
• Bürgerbriefe
• Akten der Mosaischen Gemeinde
• Physikatsachen
• Gesundheitswesen
• Militärsachen (Hebelisten, Einquartierungen, Contributionen)
• Armensachen

Akten des Magistrats

• Volkszählungen
• Brandkassenregister
• Mannzahlenregister
• Grund- und Gebäuderegister
• Rechnungsbücher der Zünfte
• Korrespondenzprotokolle der Stadt
• Polizeisachen
• Armenrechnungen
• Rekrutierungsprotokolle
• Arrestantenprotokolle
• Schulgeldhebelisten
• Schiedmannsprotokolle

• Auktionen
• Vermessungssachen
• Obrigkeitliche Atteste
• Öffentliche Erziehung
• Wahlverzeichnisse
• Polizeiangelegenheiten (Morde, Selbstmorde, Unglücksfälle)
• Hauptakten der Gemeinden Klein Niendorf, Christiansfelde, Gieschenhagen
• Personalakten öffentlich Bediensteter
• Akten aus der Zeit des Nationalsozialismus und der Besatzungszeit
• Akten der Karl-May-Spiele von 1952 bis 1980

Außerdem verfügt das Stadtarchiv über eine Bibliothek mit mehr als 700 Titeln zur Landesgeschichte Schleswig-Holsteins. Auch die Zeitungsbände der Segeberger Zeitung, ehemals Segeberger Kreis- und Wochenblatt ab dem Jahrgang 1869, gehören zum Bestand der Archivbibliothek.